Jonkromatografi (IC) är en form av vätskekromatografi (LC) för både oorganiska och organiska joner, där separationskolonnen packas med en jonbytarmassa istället för de vanliga stationärfaserna som bygger på adsorption. Separationsmekanismen blir därmed annorlunda, detektionen sker vanligen med en konduktivitetsdetektor och det ställs högre krav på att ytorna ska vara inerta. Jonkromatografi används i huvudsak för att, som namnet antyder, analysera joner, vilket kan vara från oorganiska salter eller t.ex. organiska syror. Vanliga användningsområden är analys av oorganiska anjoner (F–, Cl–, Br–, SO42-, PO43- etc.) och katjoner (Na+, K+, Mg2+, Ca2+, NH4+) vilka kan handla om dricksvatten, kontamination på ytor eller renvatten, t.ex. om man använder avjonat vatten för sköljning i en tillverkningsprocess så är det viktigt att vattnet verkligen är rent från joner för att inte råka ut för korrosions- eller vidhäftningsproblem senare i processen. Organiska syror som myrsyra och ättiksyra analyseras också med jonkromatografi, t.ex. för att bedöma korrosivitet eller utvärdera nedbrytningsprocesser.
Med hjälp av luftprovtagare kan man också använda jonkromatografi för emissioner av både organiska (myrsyra, ättiksyra mfl.) och oorganiska syror (saltsyra, svavelsyra mfl.). Organiska syror används ofta som markör för nedbrytning av organiska ämnen och oorganiska syror som svavelsyra kan bildas vid som resultat av förbränning av svavelinnehållande föreningar, t.ex. surt regn. Både organiska och oorganiska syror kan leda till korrosionsproblem i processer eller vid lagring av produkter.
